В середине января 1918 комитет избрал своим новым председателем Густава Маннергейма, который потребовал для повышения эффективности перемещения деятельности комитета под военное руководство. Задачи штаба были определены 17.1.1918, следующим вечером Маннергейм и его ближайшие помощники отправились в Вааса. Полковник Мартин Ветцер стал начальником штаба, штабс-ротмистр Ханнес Игнатиус главным квартирмейстером, полковник В. Холмберг дежурным генералом, полковник А.Г. фон Рехаусен начальником штаба вооружений, директор банка А. Холлберг главным интендантом и руководитель Б.Ф. Лохман начальником транспорта.

Штаб Главнокомандующего, организовавший свою деятельность в Вааса с 19.1, взял за образец функционирование штаба Российской армии, но недостаток людских ресурсов вынудил объединить задачи. Лишь часть членов штаба принимала участие в сражениях мировой войны. Некоторые из них отошли от военной деятельности больше десяти лет назад. Деятельность штаба критиковалась за штатскость, частично и за недостаточную компетенцию.

В начале разоружения русских частей штаб находился в Юлихярмя, затем в Вааса, после первых военных действий 9.2. деятельность главной ставки (högkvarter) утвердилась в Сейняйоки почти на полтора месяца. Штаб Сейняйоки располагался в поезде, со временем вокруг него был построен забор из металлической сетки. Из-за этого его начали неуважительно называть курятником.

Начальником генерального штаба был – после перевода Ветцера на должность командующего фронтом – офицер генерального штаба, полковник К.Е. Берг 5.2 – 6.3, после него офицер генерального штаба полковник Гёста Теслёф, главным квартирмейстером штабс-ротмистр Ханнес Игнатиус. Начальник генерального штаба не руководил начальниками остальных штабов, хотя старался в принципе унифицировать функции главной ставки. Оперативными вопросами заведовал главный квартирмейстер. Он издавал указы, касающиеся деятельности войск.

Эффективность штаба главнокомандующего снижало отсутствие компетентных офицеров генерального штаба. Это немного компенсировало прибытие 10 – 11.2 в Сейняйоки четырёх шведских офицеров главного штаба: капитанов Гёста Тёрнгрена, Карла Петерсена, Арчибальда Дугласа и Хенри Пейрона. Они получили задание разработать организацию главной ставки. На разработку теперь кроме русских теперь влияли шведские образцы. Главная ставка с 16.2 была разделена на четыре части:

·        Главный штаб или генеральный штаб, куда входили отдел главного квартирмейстера (в котором находились четыре отдела: оперативный, информационный, связи и топографический) и отдел личного состава,

·        Штаб вооружений, в который входили 1 отдел (отдел инспектора артиллерии) и 2 отдел (или отдел инспектора стрелкового оружия),

·        Этапный штаб, куда входили интендантский отдел, транспортный отдел, санитарный отдел, почтовый отдел, телеграф и полицейский отдел

В результате реорганизации главной ставки "дежурный генерал" Холмберг стал начальником отдела личного состава. Начальником артиллерийского отдела штаба вооружений стал полковник В.П. Ненонен, а отдела стрелкового оружия полковник фон Рехаузен. Этапный штаб главной ставки отвечал за большую часть вопросов, связанных с собственно военным руководством, в т.ч. за вопросы, связанные с внутренней безопасностью страны. Начальником этапного штаба вначале 15.2 – 6.3 был полковник Гёста Теслёв, после него майор (затем подполковник) Рудольф Вальден. За организацию армии отвечал отдел генерала-распорядителя или главного распорядителя. Им заведовал генерал-майор Пауль фон Герих. Когда прибыл из Швеции проделавший основную работу в Стокгольме генерал-майор Н. Мексмонтан, для него постарались организовать видную должность. 9.3. он стал начальником отдела главной инспекции и отвечал за инспекцию подготовленных войск, а фон Герих стал начальником отдела главного распорядителя и отвечал за обучение.

В марте главный штаб переместился в Хаапамяки, в апреле в Миккели, а в мае в Хельсинки.