Часто проводились массовые казни, которые уносили с собой и тех, кто не принимал участия в актах насилия. Поскольку власти хотели тщательно расследовать акты насилия и судить участников мятежа, красным пришлось ожидать решения в лагерях для военнопленных. Условия в лагерях были плохими, пленные умирали от голода и болезней. Эти спутники войны оставались, по мнению многих, более неизменными, чем сама война и её причины.

В главной ставке в конце марта сформировалось мнение, что для избежания скопления заключённых нужно ускорить судопроизводство. От имени главнокомандующего сенату было предложено образовать полевые суды, чтобы быстрее достичь этой цели. Идея заключалась в том, чтобы судить и расстреливать самых злостных преступников на заседаниях полевых судов, а большие группы отпустить по домам. Маннергейм был "склонен освободить и отпустить по домам тех красных пленных, которые получили в родных местах хорошие отзывы, и особенно тех, которых можно было считать принужденными к участию в мятеже".

Предложение имело и практическую подоплёку. Войск не хватало для охраны пленных, они были необходимы на фронте. С другой стороны, Маннергейм обдумывал возможность объединения Финляндии: лучшей стратегической границей государства было его единство. Он настаивал на налаживании отношений между гражданскими группами по окончании сражений.

Маннергейм смог склонить президента Выборгского надворного суда, высшее судебное должностное лицо белой Финляндии Карла Сёдерхолма, к возможности основания полевых судов, интерпретируя военный уголовный кодекс и принимая во внимание военное положение. Члены-юристы правительства в Вааса, однако, заняли другую позицию. Принимая во внимание существующее законодательство, организация таких полевых судов невозможна. России нельзя объявить войну, поскольку парламент не имеет возможности собраться, а военное положение гражданской войны не упоминается в законе.

Сенат Вааса исходил из принципа, что мятежников нужно судить на основании общего уголовного кодекса, в надворных судах, ведающих государственными преступлениями. Из практических соображений, принимая во внимание большое количество заключённых, всё же остановились на том, что необходимо основать особые суды, занимающиеся государственными преступлениями. Суд над красными пленными был с точки зрения народного единства таким серьёзным делом, что должен был проходить в соответствии с законами на судебном процессе максимально соответствующем нормам. Сенат обоснованно опасался, что давление приведет к казням без суда, если вскоре не начнутся судебные разбирательства. Т.н. белый террор уже начался. В ответ на доклад должностных лиц полицейского управления главной ставки о военно-полевых судах, Маннергейм сказал: "Крови пролилось достаточно. Не хочу, чтобы меня называли палачом Финляндии". Начальник обороны завоёванных территорий Вальден доложил в Хельсинки 8.5. правительству об основании полевых судов и освобождении пленных, но правительство считало по-прежнему, что вынесение приговоров и расследование должны идти в соответствии с законом. Закон о суде для рассмотрения преступлений против государства был утверждён в конце мая. Основанием для наказания служили статьи уголовного кодекса о государственной измене, а со стороны руководителей – об измене родине.

Когда в апреле-мае сдались красные армии, красные были собраны в охранявшихся военными лагерях для военнопленных. Самыми крупными из них были Хямеенлинна, Выборг, Хельсинки, Тампере, Риихимяки, Котка и Лахти. Позднее получил известность большой лагерь Таммисаари. По окончании войны у белых оказалось более 80 000 пленных. Часть из них была сразу отпущена по домам, и в начале июня их оставалось 74 000. Количество пленных резко уменьшилось в конце лета. Их было 1.7. 71 000, 1.8. 41 000 и 1.9. 27 000. Сенат придерживался той линии, что все красные должны быть осуждены на законных судебных заседаниях к определённому законом наказанию. Затягивавшееся расследование однако привело к тому, что многие красные в суровых условиях лагерей с плохим питанием стали жертвами заболеваний: в лагерях для военнопленных умерло к весне 1919 около 12 500 красных.