Так, Маннергейм стал их главнокомандующим, а в феврале в Главной ставке была образована совещательная комиссия при главнокомандующем, куда входил представитель от каждого местного отделения шюцкора. По окончании войны положение шюцкоровских формирований оставалось неопределённым, поскольку армия Финляндии организовывалась на постоянной основе. В августе 1918 всё же был утвержден указ, по которому шюцкоры использовались для поддержания внутреннего порядка, а также в качестве войскового резерва.

В начале своего регентства Маннергейм решил усилить части шюцкора для укрепления безопасности страны. Они должны были стать резервом армии и защитой государственного порядка. Государственный совет в феврале 1919 закрепил указом статус шюцкоров, и шюцкоры получили собственного главнокомандующего.

По окончании своего регентства Маннергейм в августе 1919 был приглашён в качестве почётного командующего шюцкором. В 1921 году, когда в т.н. шюцкоровском инциденте шли споры о независимости шюцкора от государственной власти, Маннергейм был предложен в качестве главнокомандующего шюцкором, но его сторонники проиграли борьбу. Главнокомандующим стал Лаури Малмберг, который пробыл на этой должности до 1944 года.

В феврале 1932 вспыхнуло т.н. восстание в Мянтсяля, которое потребовало запрещения деятельности коммунистов, и в котором приняли участие многие члены шюцкора. Решительность президента П.Э. Свинхувуда заставила восставших разойтись по домам.

Во время реорганизации сил обороны в 1930-е годы шюцкоры получили постоянное задание по организации военного обучения резервистов. Во время зимней войны они стали частью оборонительных сил, и соответственно в члены шюцкора принимались и члены рабочих организаций. Недоверие, пришедшее из 1918 года, было предано забвению. Главный штаб шюцкоровских формирований стал штабом войск местной самообороны, а старейшины шюцкора обеспечивали защиту родных мест.

Осенью 1940 шюцкоровские округа должны были выполнять задачи военных округов. По окончании войны-продолжения Советский Союз потребовал роспуска шюцкоров и женской организации Лотта Свярд, поскольку вооружившиеся войска местной безопасности могли бы свести на нет желание Советского Союза довести армию Финляндии до минимума, и поскольку силы местной безопасности могли бы воспрепятствовать изменению государственного устройства Финляндии в социалистическом духе. Парламент Финляндии одобрил 3.11.1944 без голосования закон о роспуске шюцкора. Маннергейм как президент утвердил закон. В приказе от 16.11 он поблагодарил шюцкоровцев за их работу на благо родины.