Председатель отстоявшего независимость сената П.Э. Свинхувуд назначил его главнокомандующим армии республики Финляндия (16.1.-29.5. 1918). В конце января Маннергейм привёл т.н. белую армию к победе в войне с российской оккупационной армией и сумел противостоять попыткам захвата власти социалистами. Именно благодаря его решительности находившиеся в Похьянмаа российские войска были 27.-29.1 большей частью разоружены, а полученным у них оружием вооружены правительственные войска. Поскольку у переехавшего в Вааса сената оставалось мало ресурсов, главная ставка Маннергейма, которая во время войны размещалась в Сейняйоки и в Миккели, имела особенно большое влияние на решение многих гражданских вопросов. Авторитет Маннергейма угнетал оппозицию.

Во внешней политике также прислушивались к мнению Маннергейма, хотя сенат был более чем он склонен согласиться с притязаниями Германии. В начале марта сенат повысил Маннергейма до генерала кавалерии, подтвердив его старшинство перед руководством запрошенных у Германии вспомогательных экспедиционных сил. Выросло политическое влияние сената, когда председателю сената П.Э. Свинхувуду удалось в марте добраться через Германию и Швецию в Похьянмаа, прибавив авторитета руководству сената в Вааса. Чтобы подчеркнуть значимость собственной армии Финляндии перед немцами в Хельсинки 16.5.1918 был организован парад победителей крестьянской армии. В связи с этим главнокомандующий представил сенату от имени армии требование передать "штурвал государственного корабля Финляндии в твёрдые руки". Эта позиция пошла на пользу сторонникам монархии в только что начавшейся борьбе за форму правления.

В мае 1918 Маннергейму пришлось уйти в отставку, поскольку он был иного мнения, чем правительство Финляндии, о расширении Германского влияния в вопросах организации армии и во внешней политике.