Маннергейм был избран президентом Финляндии (он занимал этот пост с 4.8.1944 по 8.3.1946), поскольку считалось, что  только он был способен привести страну к миру.


Оказанное ему доверие было гарантией того, что переговоры с Советским Союзом не рассматривались бы как предательство, а вся армия соблюдала бы условия мирного договора. Маннергейм отказался от подписанного Рюти соглашения, препятствовавшего подписанию сепаратного мира, и согласился на перемирие.

После заключения перемирия (19.9.1944г.) Маннергейм активно пытался найти новое, наиболее выгодное для Финляндии в тех условиях политическое решение. Он считал, что оборонительный союз с Советским Союзом позволит стабилизировать суверенное положение Финляндии. Сталин не был ещё готов укреплять политическое положение Финляндии, но подготовленный Маннергеймом в январе 1945 года проект был взят за основу заключённого в 1948 году Договора о дружбе, сотрудничестве и взаимной помощи.

В тот период, когда Финляндия находилась под надзором Союзной контрольной комиссии, Маннергейм был вынужден утвердить множество неприятных решений. Ему пришлось согласиться на роспуск шюцкоров, организации Лота Свярд и Финляндских братьев по оружию, хотя они были прочной опорой обороны Финляндии. Были освобождены и даже вошли в правительство те, кто в его время был осуждён за измену родине.

По состоянию здоровья Маннергейм освобождался от исполнения своих обязанностей с третьего по 10 марта 1945 года, с 12 сентября по пятое октября того же года и с 18 октября 1945 года по четвёртое марта 1946 года.

Хотя Маннергейм с точки зрения Советского Союза был единственным, кто мог сохранить единство Финляндии и сдерживать в ней движение оппозиционных сил, он был и в своей внутренней политике тормозом развития с точки зрения т.н. демократической политики, ориентировавшейся на Советский Союз. Во время судебных процессов над виновниками войны (1945-1946гг.) появились требования выдвинуть обвинение и против него, ионпрактически был вынужден защищаться. Его возможности эффективно руководить внешней политикой Финляндии были минимальными и, изнурённый болезнью, он ушёл с поста президента в марте 1946 года.