Die Hinrichtungen geschahen oft en gros. Es wurden auch solche Leute hingerichtet, die keinen Anteil an den Gewalttaten hatten. Als auch die Regierungsgewalt die an dem Aufruhr Beteiligten genau verhören und verurteilen wollte, mussten die Roten die Entscheidungen in den Gefangenenlagern abwarten. Die Verhältnisse in den Lagern waren schlecht, und Gefangene starben vor Hunger und an Krankheiten. Viele behielten diese Folgeerscheinungen des Krieges besser im Gedächtnis, als den Krieg selbst und seine Ursachen.

Ende März kam man im Hauptquartier zu der Auffassung, dass für die Verhinderung der Anhäufung von Gefangenen Recht schnell gesprochen werden sollte. Der Oberbefehlshaber schlug dem Senat die Einsetzung der Standgerichte vor, damit das Ziel schneller erreicht würde. Man ging davon aus, dass die üblen Verbrecher vor den Standgerichten verurteilt und erschossen und die grosse Menge entlassen werden sollte. Mannerheim "neigte dazu, die roten Gefangenen zu befreien und zu entlassen, die positive Aussagen von ihren Heimatorten erhielten, und besonders diejenigen, von denen festgestellt werden könnte, dass sie zum Aufruhr gezwungen wurden". Dieser Vorschlag wurde auch praktisch begründet. Es gab nicht genügend Truppen für die Aufsicht der Gefangenen, man brauchte sie an der Front. Anderseits dachte Mannerheim schon an die Fähigkeit Finnlands, sich zu vereinigen: Die beste strategische Grenze des Staates ist seine Einheit. Er wollte eine Brücke zwischen verschiedenen Teilen der Bevölkerung nach dem Ausgang des Kampfes bauen.

Der Senat in Vaasa ging von dem Prinzip aus, dass die Aufrührer auf der Grundlage des allgemeinen Strafgesetzes, bei Staatsverbrechen vor Hofgerichten verurteilt werden sollten. Aus praktischen Gründen, wegen der grossen Anzahl der Gefangenen, kam man dazu, dass besondere Hochverratsgerichte eingesetzt werden mussten. Die Verurteilung der roten Gefangenen war vom Standpunkt des gesamten Volkes aus so grosse Sache, dass es nach den Gesetzen in möglichst normalen Gerichtsprosessen vollzogen werden sollte. Der Senat fürchtete sich begründet davor, dass der Druck zu Hinrichtungen ohne jedes gerichtliche Verfahren führen würde, falls man nicht schnell zu den Gerichtsprozessen käme. Der sogenannte "weisse Terror" hatte schon begonnen. Als die Polizeibehörde des Hauptquartiers Standrechtsverfahren vorschlug, antwortete Mannerheim: "Es wurde schon genügend Blut vergossen. Ich will nicht den Namen des Henkers von Finnland bekommen." Der Schutzkommandeur der eroberten Gebiete Walden schlug der Regierung am 8.5. in Helsinki die Einsetzung der Standgerichte und die Entlassung der Gefangenen vor, aber die Regierung vertrat immer noch die Meinung, dass die Urteile und Ermittlungen nach dem Gesetz erfolgen sollten. Das Gesetz über den Hochverrat wurde Ende Mai bestätigt. Die Verordnungen des Strafgesetzes über den Hochverrat, für die Führer jedoch über den Landesverrat, dienten als Strafgrundlage.

Als die roten Truppen Ende April Anfang Mai kapitulierten, wurden die Roten in den von Soldaten bewachten Gefangenenlagern gesammelt. Die grössten Lager waren in Hämeenlinna, Viipuri, Helsinki, Tampere, Riihimäki, Kotka und Lahti. Der bekannteste Grosslager war Tammisaari. Am Ende des Krieges hatten die Weissen über 80.000 Gefangene. Ein Teil von diesen wurde sofort nach Hause geschickt, und Anfang Juni waren es noch 74.000. Die Anzahl der Gefangenen ging bis zu Ende des Sommers schnell zurück. Am 1.7. waren es 71.000, am 1.8. 41.000 und am 1.9. 27.000. Der Senat nahm die Linie an, dass alle Roten vor den Gerichten zu den gesetzlich vorgeschriebenen Strafen verurteilt werden sollten. Die langwierigen Verhöre führten jedoch dazu, dass viele Roten in den engen Verhältnissen der Gefangenenlager und mit schlechter Nahrung an Krankheiten starben: in den Gefangenenlagern starben bis Frühjahr 1919 insgesamt 12.500 Rote.