Der Vorsitzende des Selbständigkeitssenats P.E. Svinhufvud berief ihn zum Oberbefehlshaber der Armee von der Republik Finnland (16.1.-29.5.1918). Er führte die sog. weisse Armee Ende Januar zum Sieg in dem Krieg, der gegen die russiche Besatzungsarmee und den Umsturtz der Sozialisten geführt wurde. Eben aufgrund seiner Entschlossenheit wurden die russischen Truppen in Ostbottnien vom 27. bis 29.1 entwaffnet, und mit den von ihnen enteigneten Waffen wurden die Truppen der Regierung bewaffnet. Weil der in Vaasa eingezogene Senat nur über wenige Ressourcen verfügte, übte der Hauptquartier von Mannerheim, der sich während des Krieges in Seinäjoki und Mikkeli befand, ziemlich grossen Einfluss aus, auch in vielen zivilen Angelegenheiten. Die Opposition nagte Mannerheims Auktorität an.

Mannerheims Auffassungen wurden auch in der Aussenpolitik beachtet, obgleich der Senat breitwilliger auf die deutschen Bestrebungen einginge, als er. Der Senat beförderte ihn zum Kavalleriegeneral, um seine Postion in der Führung der deutschen Hilfstruppen zu sichern. Der politische Einfluss des Senats stieg an, als es dem Vorsitzenden des Senats P.E. Svinhufvud gelang, im März durch Deutschland und Schweden nach Ostbottnien überzugehen, so konnte er seine Auktorität der Leitung des Senats in Vaasa verleihen.

Für die Hervorhebung der Bedeutung von der eigenen Armee Finnlands neben den Deutschen wurde in Helsinki eine Siegesparade am 16.5.1918 veranstaltet. In diesem Zusammenhang trug der Oberbefehlshaber im Namen der Armee dem Senat die Forderung vor, den "finnischen Staatsschiff" mit sicherer Hand zu steuern. Diese Stellungsnahme unterstütze die monarchistischen Bestrebungen in dem erst begonnenen Kampf um die Staatsform.